La reine Béryl, qui fut jadis à l'origine de la destruction du Silver Millenium est de retour. Cette fois ci, elle s'attaque à la Terre dans le but de trouver suffisamment d'énergie afin de réveiller la reine Metallia, le mal absolu. A cet effet, elle est aidée de ses hommes: Jadeite, Nephrite, Zoisite et Kunzite.

 Apparition des guerrières Inner Senshi: Sailor Moon, Sailor Mercury, Sailor Mars, Sailor Jupiter et Sailor Vénus. 
 La vie antérieure des guerrières est révélée: Sailor Moon est la princesse Serenity, les quatre autres Sailor Senshi sont ses protectrices et Tuxedo Kamen est le Prince Endymion, son grand amour. 

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La seconde saison est divisée en deux parties. Dans la première, deux extraterrestres frère et soeur (Ail et En) arrivent sur Terre accompagnés d'un arbre draineur d'énergie humaine. Cette énergie est indispensable à la survie d'Ail et En qui s'immiscent parmi la population en prenant l'apparence de deux collégiens...

 

La deuxième partie raconte l'histoire de Chibiusa, une petite fille venue du futur pour demander l'aide de Sailor Moon et de ses amies. Elle est poursuivie par les représentants de la Lune Noire qui sont à la recherche du cristal d'argent. Pour triompher, les guerrières Sailor devront voyager dans le temps et apprendre à développer leurs pouvoirs.
 

 Arrivée de Chibiusa qui s'avère être la fille d'Usagi et Mamoru au trentième siècle.
 Sailor Moon obtient une nouvelle broche et un nouveau bâton de lune.
 Les autres guerrières obtiennent de nouveaux stylos de transformation et développent leurs pouvoirs de base, ainsi Sailor Mercury apprend à geler sa cible, Sailor Vénus à multiplier son rayon d'énergie...
 Chaque Inner Senshi apprend une nouvelle attaque.
 Brève apparition de Sailor Pluton qui tient le rôle de Gardienne du Temps.

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 Cette saison marque l'arrivée de Sailor Uranus et Neptune ainsi que le retour de Sailor Pluton brièvement intervenue la saison précédente.

 

Le Professeur Tomoe, un savant fou possédé par le mal, consacre sa vie à la recherche des trois coeurs purs renfermant les "talismans" qui, une fois réunis, permettront au légendaire "Saint Graal" d'apparaître. Cette relique mythique donnera un pouvoir immense à son possesseur. Les Outer Senshi interviennent donc pour tenter de récupérer le Saint Graal avant leurs ennemis. Mais tout cela ne sera pas sans problèmes car récupérer un talisman, c'est aussi extraire le coeur de son détenteur condamné à une mort certaine. Et une fois les talismans réunis, qui sera jugé assez pur pour avoir la garde du mythique Graal ? Enfin, si les fameux talismans détiennent la capacité de faire apparaître le Saint Graal, ils ont aussi le pouvoir de faire renaître Sailor Saturne, la guerrière de la destruction...

 Apparition des guerrières Outer Senshi: Sailor Uranus, Sailor Neptune, Sailor Pluton et Sailor Saturne. 
 Retour de Chibiusa qui se transforme en Sailor Chibi Moon.

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Les guerrières Sailor font face à de nouveaux ennemis membres du cirque de la Lune Noire. Ces derniers sont à la recherche de Pégase, un cheval ailé mythique. Pégase, de son vrai nom Hélios, s'est enfui sur Terre et se cache dans les rêves d'un humain... Oui mais lequel ?

    

Le véritable ennemi de cette saison est Nehellenia, une reine qui prétend être la véritable héritière du Royaume de la Lune et qui a été enfermée à jamais dans un miroir que seul Pégase et son cristal d'or peut briser.

 

 Les autres Inner Senshi prennent leurs formes de Super Sailor et chacune découvre son attaque ultime. 

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Sailor Moon Sailor Stars est, comme la seconde saison, découpée en deux parties.

 

Dans la première, la reine Nehellenia revient sur Terre avec l'aide d'un démon inconnu à ce stade. Cette fois, toutes les guerrières répondent présentes dans un long combat très intense au terme duquel Nehellenia est finalement vaincue et ramenée à la raison. La fin de cette arc marque l'apparition ultime de Chibiusa.

 

La seconde partie voit l'arrivée des Sailor Starlights à la recherche de leur princesse. On apprend alors qu'il existe un très grand nombre de Sailors, réparties dans toutes les galaxies. Sailor Galaxia, l'ennemie de cette saison, est à la recherche de toutes ces guerrières pour leur prendre leurs "star seeds" et leurs pouvoirs.